Семинария имеет два отделения: пастырское и регентско-хоровое, а также сектор заочного обучения. Пастырское отделение готовит кандидатов в священнослужители. Регентско-хоровое отделение занимается подготовкой регентов и псаломщиков для церковных хоров. 
За двенадцать лет своего существования Семинария сделала 11 выпусков, всего 143 человека. Из них пастырское отделение подготовило 64 человека (40 рукоположены), регентско-хоровое отделение - 79 человек.
На сегодняшний день студенты пастырского отделения обучаются по пятилетней семинарской программе. Преподавательский состав состоит из 33 человек. Общее количество студентов, обучающихся на стационаре, 48 человек, один человек обучается на экстернате, 24 человека на секторе заочного обучения (состояние на 2006 год). 

Поступающим на пастырское отделение предоставляется отсрочка от армии на срок обучения в семинарии.

С 3 ноября 2007 года распоряжением Ректора Новокузнецкой Православной Духовной семинарии  полномочия по учебной работе возложены на Ангелину Александровну Толстокулакову.